汇集健康记录数据如何改善流感研究?

挑战

COVID-19疫苗显著降低了感染者的发病率和死亡率, 然而，还需要做更多的工作来充分了解它们对不同人群的效果, 在不同的现实世界条件下, 并了解更多的症状, 结果, 以及这种疾病的并发症.

要回答这些问题, 美国疾病控制与预防中心(CDC)利用现有的虚拟网络建立了VISION疫苗有效性(VE)网络, 包括VISION流感(流感)网络，以快速整合来自美国9个医疗系统的数据.S.:

• 贝勒斯科特 & 怀特健康(德克萨斯州)
• 哥伦比亚大学欧文医学中心(纽约)
• 明尼苏达州儿童
• 健康伙伴(明尼苏达州和威斯康星州)
• Intermountain Healthcare(犹他州)
• 凯撒永久西北公司(俄勒冈州和华盛顿州)
• 注册律师协会(印第安纳州)
• 科罗拉多大学
• 范德比尔特大学医学中心(田纳西州)

需要一个由熟练的流行病学家组成的大型数据管理团队, 生物统计学, 和IT专家, 能够开发和使用先进的数据收集和分析工具以及多模式流程, CDC于2020年选择趣赢平台作为VISION数据协调中心. 该项目需要与VISION网络的临床站点和合作伙伴合作，协调统一的协议和数据管理系统，以便迅速和持续地收集有关疫苗接种的数据, 测试, 以及类似covid -19的疾病. 趣赢平台为衡量COVID-19疫苗的有效性提供分析支持, 为保护公众免受这些疾病的破坏而制定的公共卫生政策提供了哪些信息.

解决方案

按社会人口状况和高危人群分析COVID-19疫苗有效性和临床流行病学的关键问题, 趣赢平台与9个卫生系统和伙伴研究组织建立了合作关系，以收集门诊与covid -19相关的医疗结果数据, 紧急护理, 急诊科, 医院环境.

We developed a common protocol for harmonized data collection across sites; coordinated approval of the study protocol 和 data dictionary by a common institutional review board (趣赢平台’s IRB); 和 constructed a research data platform for site data collection.

9个卫生系统提供阴性检测设计数据(每两周一次), 对于站点的子集, 来自电子健康记录(EHRs)和与SARS-CoV-2检测相关的疫苗登记的队列数据(每月), COVID-19接种疫苗, 与covid -19相关的医疗事件, 还有严重的后果. 网站收集人口统计信息, 临床特点, 出院诊断, SARS-CoV-2测试, 与covid -19样疾病相关的医疗事件的个人的疫苗接种状况.

数据通过安全的数据管道从站点发送到趣赢平台. 然后，我们进行质量检查，并将数据与其他衍生变量(如潜在的医疗条件)合并到分析数据集中, 这是根据每次就诊的出院诊断来定义的). 这些数据集每两周发送给疾病预防控制中心. 这一两周一次的时间表对于通报主要公共卫生政策至关重要, 比如加强建议, 资源分配. 我们的项目人员与现场人员一起工作，以促进准确和完整的测试报告, 疫苗接种, 医疗接触数据. 趣赢平台的工作人员还将跨平台和跨站点的数据进行组合, 进行数据清理和质量控制, 生成分析数据集, 并带头进行分析, 包括免疫功能低下人群和孕妇的COVID疫苗有效性(VE), 渐弱的COVID - VE, 不同SARS-CoV-2变异时期的VE, 和, 最近, 流感(流感)VE.

趣赢平台使用基于机器学习的方法和复杂的分析(例如.g.(梯度增强回归树)，以帮助CDC更多地了解疫苗诱导的免疫. 通过使用亚马逊网络服务(AWS), 我们能够在中央数据库中捕获和协调数据，并制定了质量保证和控制程序. 我们的工作人员开发了自己的R包来分析数据, 并管理一个共享的Git存储库，用于中央代码分发和再现.

结果

韦斯特的研究扩大了疾病预防控制中心对COVID-19和流感疫苗在不同人群中的实际有效性的认识, 包括免疫功能低下的人. It is also contributing to CDC’s underst和ing of the signs 和 symptoms associated with COVID-19 illness; who is receiving each vaccine; 和 how different groups of people respond to it. 这些研究为疾病预防控制中心提供了它所需要的关键情报，以制定有关美国人如何保护自己免受这两种疾病侵害的建议.

重要的是, 如果出现其他病原体, VISION的结构将能够利用该平台快速开展这些疾病的研究，并评估为对抗这些疾病而开发的任何疫苗所提供的保护水平.

自2020年以来, 韦斯特迅速得出的疫苗有效性估计已经通知了疾病预防控制中心, 免疫做法咨询委员会, 美国食品和药物管理局, 以及白宫利益相关者，他们正在考虑下一步措施，保护公众免受流感和COVID-19的侵害. 这些数据也发表在十几个高影响力的出版物上, 以及各大新闻媒体的报道.